В общем вот:
	PHP:
	
<?php
 =  'c' ;  // буква, которой не должно быть
 $path  =  'Z:/home/lesson.ru/www/my_folder/' ;  // заканчивается на слеш, указывает путь до папки, где наш файл
 $file  =  "domains.txt" ;  // а вот и сам файл
 $filename_with  =  'domen_s_' ;  // задаваемое имя файла для с буквой
 $filename_without  =  'domen_bez_' ;  // задаваемое имя файла для без буквы
 
 
 Рабочий файл:
	PHP:
	
<?php
 /**
 require  "header.html" ;  // однократная вставка верха шаблона
 include  "conf.php" ;  // подключаем файл конфигурации
 echo  "Искомая буква: <b style='color:grey;'>\" $alph \"</b><br />" ;  // Вывод искомой буквы
 echo  "Путь: <b style='color:grey;'>\" $path$file \"</b><br />" ;   // Вывод пути до обрабатываемого файла
 echo  "Файл доменов с буквой \" $alph \": <b style='color:grey;'>\" $filename_with .txt\"</b><br />" ;  // Файл результатов
 echo  "Файл доменов без буквы \" $alph \": <b style='color:grey;'>\" $filename_without .txt\"</b><br />" ;  // Файл результатов
 $domains  =  file ( $path  .  $file );   //переменная равна содержимому файла путь до файла указан в скобках
 $domain_without  = array();  // делаем переменную массивом для implode
 $domain_with  = array();  // делаем переменную массивом для implode
 foreach ( $domains  as  $domain )    // цикл перебора массива domains где значения domain
 {
 $domain  =  explode ( '.' ,  $domain );   //  делим домен на части, делитель точка
 $domain  =  $domain [ 0 ];   // Берём только первую часть, т.к. 0 это первое значение, если я правильно понял это ключ
 if ( stripos ( $domain ,  $alph ) ===  false ) {  // ищем в $domain нашу букву $alph, если не находим, то:
 $domain_without [] =  $domain ;  //...то: значит $domain_without, что такое [] я не понял
 } else {                                        // в пртивном слечае
 $domain_with [] =  $domain ;      // т.е. буква нашлась, значит $domain_with, что такое [] я не понял
 }
 "<b style='color:green;'><br />Домены с буквой \" $alph \": </b>" ;   // вывод текстовой строки для удобсва визуализации
 file_put_contents ( $path  .  $filename_with  .  $alph   .  '.txt' ,  implode ( "\n" ,  $domain_with ));  // создание файла и запись в него отфильтрованных доменов, разделитель - перевод каретки
 echo  count  ( $domain_with );  // подсчёт доменов и вывод числа
 echo  "<br /><b style='color:red;'>Домены без буквы \" $alph \": </b>" ;  // вывод текстовой строки для удобсва визуализации
 file_put_contents ( $path  .  $filename_without  .  $alph   .  '.txt' ,  implode ( "\n" ,  $domain_without ));  // создание файла и запись в него отфильтрованных доменов, разделитель - перевод каретки
 echo  count  ( $domain_without );  // подсчёт доменов и вывод числа
 require  "footer.html" ;   // однократная вставка футера шаблона
 
 
 ---------- Сообщение добавлено в 00:19 ---------- Предыдущее сообщение было в 00:15 ----------  
					 
				 
		
		
	
Тут нормальный рабочий вариант. Только коменты поменял.
	PHP:
	
<? php
 /**
 require  "header.html" ;  // однократная вставка верха шаблона
 include  "conf.php" ;  // подключаем файл конфигурации
 echo  "Искомая буква: <b style='color:grey;'>\" $alph \"</b><br />" ;  // Вывод искомой буквы
 echo  "Путь: <b style='color:grey;'>\" $path$file \"</b><br />" ;   // Вывод пути до обрабатываемого файла
 echo  "Файл доменов с буквой \" $alph \": <b style='color:grey;'>\" $filename_with .txt\"</b><br />" ;  // Файл результатов
 echo  "Файл доменов без буквы \" $alph \": <b style='color:grey;'>\" $filename_without .txt\"</b><br />" ;  // Файл результатов
 $domains  =  file ( $path  .  $file );   # функция файл открывает заданный файл (параметр - путь+имяфайла) и помещает его в массив. Подробнее смотрите на пхп.су
 $domain_without  = array();  # говорим, что переменная равна пустому массиву. Это полезно в случае, если 
 $domain_with  = array();  # один из массивов будет пустым и тогда переменная не будет задана и сответвенно имплоад выдаст ошибку ибо он ждет именно массив
 foreach ( $domains  as  $domain )    // цикл перебора массива domains где значения domain
 {
 $domain  =  explode ( '.' ,  $domain );   //  делим домен на части, делитель точка
 $domain  =  $domain [ 0 ];   // Берём только первую часть, т.к. 0 это первое значение, если я правильно понял это ключ
 if ( stripos ( $domain ,  $alph ) ===  false ) {  // ищем в $domain нашу букву $alph, если не находим, то:
 $domain_without [] =  $domain ;  #...то в массив доменов без буквы помещаем новый домен
 } else {                                        // в пртивном слечае
 $domain_with [] =  $domain ;      # т.е. буква нашлась, значит в массив с буквой домен этот помещаем
 }
 "<b style='color:green;'><br />Домены с буквой \" $alph \": </b>" ;   // вывод текстовой строки для удобсва визуализации
 file_put_contents ( $path  .  $filename_with  .  $alph   .  '.txt' ,  implode ( "\n" ,  $domain_with ));  // создание файла и запись в него отфильтрованных доменов, разделитель - перевод каретки
 echo  count  ( $domain_with );  // подсчёт доменов и вывод числа
 echo  "<br /><b style='color:red;'>Домены без буквы \" $alph \": </b>" ;  // вывод текстовой строки для удобсва визуализации
 file_put_contents ( $path  .  $filename_without  .  $alph   .  '.txt' ,  implode ( "\n" ,  $domain_without ));  // создание файла и запись в него отфильтрованных доменов, разделитель - перевод каретки
 echo  count  ( $domain_without );  // подсчёт доменов и вывод числа
 require  "footer.html" ;   // однократная вставка футера шаблона